În contextul evenimentelor din decembrie 1989, în urma cărora în România se făceau pași spre democratizare și instaurarea statului de dept, în baza Hotărârii de Guvern nr. 521/12.05.1990 şi a Protocolului încheiat la 6 iunie 1990 dintre Ministerul Cultelor şi Ministerul Învăţămîntului se crea cadrul legislativ favorabil privind organizarea „seminariilor liceale”, fapt care marca apariția școlilor creștine în general și a celor creștine evanghelice în special. Cadrul legislativ creat de autoritățile române au permis tuturor confesiunilor religioase recunoscute prin lege să inițieze demersuri pentru înființarea și re-înființarea școlilor creștine.
Prin cererea Comunităţii Creştine Baptiste Cluj prin adresa Nr. 267/ 1991, prin Decizia nr. 5019/4.07.1991 a Ministerului Culturii şi Secretariatului pentru Culte se autorizează înfiinţarea Seminarului Liceal Baptist la Cluj-Napoca începând din anul şcolar 1991-1992. Conform Hotărârilor 521/1990, 461/1991 şi 345/1992 ale Guvernului României, privind organizarea şi finanţarea învăţământului din România, în anul 1993 s-a semnat Protocolul dintre Ministerul Învăţământului şi Secretariatul de Stat pentru Culte, privind organizarea şi funcţionarea învăţământului preuniversitar teologic şi includerea acestuia în reţeaua instituţiilor de învăţământ de stat. S-a stabilit astfel statutul seminariilor şi liceelor teologice din România ca parte integrantă a sistemului de învăţământ de stat preuniversitar din România.
Seminariile liceale s-au dezvoltat în fiecare an şcolar, dovedind o foarte mare apreciere a comunităţii faţă de acest tip de învăţământ, și s-au transformat în licee, deoarece aveau şi alte specializări decât cea teologică (profil real, profil uman etc). În acest context şi şcoala noastră şi-a schimbat numele în Liceul Teologic Baptist „Emanuel”, pentru ca acesta să corespundă structurii planului de învăţământ şi curriculum-ului pe care îl implementează. Liceul Teologic Baptist „Emanuel” Cluj-Napoca a apărut din inițiativa unor importanți lideri ai Comuniății Creștine Evanghelice, care au reprezentat și reprezintă în conștiința tuturor celor din viața școlii grupul fondatorilor, în jurul cărora s-au adunat mai multe cadre didactice și au pus astfel bazele unei școli care s-a devoltat continuu și care astăzi se apropie de sărbătorirea a 25 de ani de la înființare. Prezentăm în rândurile de mai jos numele celor care au fost fondatorii școlii:
Istoria Liceului Teologic Baptist „Emanuel” Cluj-Napoca s-a scris continuu, în fiecare an școlar prin amprenta de neșters a tuturor dascălilor școlii, a promoților de elvei, a părinților și comunității, iar un rol aparte l-au avut profesorii care au condus destinele instituției, în calitate de directori:
Istoria acestei şcoli este singulară deoarece în peste 20 de ani de activitate 1991-2014, a reuşit ca printr-un efort colectiv să construiască o cultură organizaţională care să creeze posibilitatea unui progres continuu, astfel că în anul şcolar 2010-2014 şcoala noastră să se înscrie în elita şcolilor clujene prin performanţe şcolare şi prin rezultatele obţinute la examenele naţionale şi la olimpiade şi concursuri şcolare.
În acelaşi timp, şcoala s-a dezvoltat şi prin adaptarea ofertei educaţionale în funcţie de nevoile resimţite ale comunităţii locale, astfel că începând cu anul 2005-2006 am integrat în instituția noastră de învățământ un nivel şcolar postliceal în cadrul căruia şcolarizăm cu success personal medical cu calificare medie, asistenţi medicali generalişti, în colaborare cu clinicile şi spitalele universitare clujene.
Începând cu anul şcolar 2009-2010 în urma declanşării procedurilor de autorizare şi acreditare existente din domeniul evaluării calităţii educației, am înfiinţat nivelul şcolar gimnazial adâugând şcolii noastre o dimensiune nouă a formării intelectuale şi şcolare, fapt care a constituit o etapă deosebită a dinamicii ofertei educaţionale şi o adaptare a acesteia la nevoile comunităţii locale.
Începând cu anul şcolar 2010-2011 am reuşit să obţinem autorizaţie de încredere pentru organizarea unei noi dimensiuni educaţionale pentru şcoala noastră, repsectiv am reuşit să înfiinţăm un program de studiu la nivel şcolar liceal prin care să şcolarizăm elevi în clasa a IX-a în cadrul filierei teoretice, profil real, specializarea matematică-informatică, intensiv limba engleză.
Mai mult decât atât, începând cu anul şcolar 2012-2013 vom şcolariza elevi la nivel şcolar primar, gimnazial şi liceal (în cadrul filierei vocaţionale, profil teologic, specializare teologie baptistă şi în cadrul filierei teoretice, profil real, specializarea matematică-informatică, intensiv engleză şi profil uman, specializarea ştiinţe sociale, intensiv limba engleză), alături de nivelul şcolar postliceal, specializarea asistent medical generalist, fapt care prezintă fără îndoială, dinamismul pe care şcoala noastră îl are în domeniul curricular şi al ofertei educaţionale. Acest fapt reprezintă una dintre cele mai importante realizări din domeniul curriculumului în sensul diversificării şi dinamizării acestuia la nivelul şcolii.